ריצוף (או קריאה) של כלל הגנים המקודדים לחלבון. באדם כ-20,000 גנים המקודדים לחלבון (לערך), ואלו מהווים רק כ-1% מכלל רצף הגנום האנושי (כלומר, כ-30 מליון בסיסים מתוך 3 מליארד). ידוע כי הרוב הגדול (85%-90%) מכלל המחלות החד-גניות באדם נגרם בשל שינויים הנמצאים באותו חלק קטן של הגנום המקודד לחלבון (exome). מטרת בדיקת הריצוף היא איתור מוטציות נקודתיות ("שגיאות כתיב" ברצף הגנטי) הגורמות בסבירות רבה למחלה. פענוח ריצוף האקסום דורש מיומנות גבוה של המעבדה המבצעת, המסתייעת בשיטות ביואינפורמטיות מורכבות. זאת כדי להבדיל בין שינויים גנטיים שפירים (benign) לשינויים בעלי משמעות קלינית. לכל אדם שינויים רבים בגנום, חלקן יחודיים ונדירים, אך רק למיעוטם משמעות קלינית העשויה להשפיע על בריאות הנבדק. בחלק מהמקרים ישנה חשיבות לשילוב גם בני משפחה נוספים במסגרת בדיקת האקסום, לצורך השוואה בין בריאים לחולים. מאחר ומדובר בבדיקה רחבה, תתכן גם קבלת ממצאים שמשמעותם הקלינית אינה ברורה (variant of uncertain significant) שיצריכו המשך בירור, או ממצאים אקראיים שלא היו מטרת ביצוע הבדיקה מלכתחילה.

בדיקת השבב הגנטי (או צ'יפ גנטי) מאפשרת גילוי חסרים ותוספות כרומוסומליים זעירים. הכוונה בעצם לחסר (deletion) או הכפלה (duplication) של מקטעים גנומיים שונים, העשויים להכיל בין גן אחד (או חלק ממנו) ועד עשרות גנים. שינויים אלה נקראים copy number variants (CNVs). בדיקת השבב מבוצעת היום כחלק רוטיני באבחון טרום לידתי בבדיקת סיסי שפיר וסיסי שלייה. הרזולוציה של בדיקת השבב הגנטי גבוה משמעותית מזו של בדיקת הקריוטיפ המסורתית, ובד"כ מהווה תחליף לה. לחלק מה-CNVs שמתגלים בבדיקת השבב הגנטי משמעות פתוגנית ברורה וחד משמעית, ואילו חלקם מהווים גורמי סיכון למצבים שונים (כגון לקות קוגניטיבית, אוטיזם ועוד), בשל חדירות חלקית וביטוי משתנה.

לעיתים ניתן להסתפק בריצוף מספר מוגבל של מקבץ גנים רלוונטיים לקליניקה (עשרות עד מאות בודדות). זאת, בעיקר במקרים בהם התמונה הקלינית ברורה ומוגדרת (למשל, נוירופטיה או מיופטיה). בחלק מהפאנלים, בשל ההתמקדות במקבץ קטן יחסית של גנים, איכותו הטכנית של הריצוף גבוהה יותר מאשר באקסום, והסיכוי להחמיץ קיום ממצאים בעלי משמעות בגנים אלה מופחת. שימוש בפאנל גם מצמצם את הסיכוי לקבלת ממצאים שמשמעותם הקלינית אינה ברורה. מאידך, כאשר הקליניקה אינה מוגדרת היטב או לחילופין רחבה ומערבת מספר מערכות גופניות, רוב הגנטיקאים יעדיפו ריצוף אקסום.

חלק מהמחלות הנוירולוגיות נגרמות של הרחבה של רצפים חוזרים. הכוונה לאזורים המכילים חזרות של 3-6 בסיסים (אותיות). במחלות מסויימות מספרן של החזרות גדל משמעותיות, ועם חציית סף מסויים הוא גוארם להופעת מחלה. הכוונה למחלות כמו למשל X שביר, מיוטוניק דיסטרופי 1 או 2, מחלת הנטיגנטון ועוד. איתור שינויים אלה מחייב בדיקה ייעודית, המבוצעת במעבדות שונות בארץ. נדגיש כי בדיקות אלה אינן מייתרות האחת את השנייה, אלא לרוב משלימות זו את זו. כך למשל בבדיקת השבב הגנטי אינה תחליף לריצוף, ולהיפך. פעמים רבות מבצעים יותר מסוג בדיקה אחת. לבסוף, לאחר קבלת התוצאות, יש לבצע אינטגרציה של המידע הקליני, הבדיקה הנוירולוגית, בדיקות העזר ותוצאות הבדיקות הגנטיות. זאת כדי להבין מה הקשר בין התוצאות שנמצאו בבירור הגנטי (גנוטיפ) לבין מצבו של הנועץ (פנוטיפ). לעיתים הדבר פשוט, ולעיתים מורכב ולא חד משמעי. לנסיון ולידע של הרופא משקל קריטי בסיכום הממצאים, וקביעת האבחנה הגנטית הנכונה.